DNAMAN中的序列显示既包含DNA、RNA、双链、反向互补等展示方式，也涉及注释区域是否显示、以何种形式显示，以及当前分析区域是否覆盖完整序列。序列本身的数据没有变化，并不代表显示结果一定相同。围绕“DNAMAN怎么设置序列显示格式，DNAMAN序列显示格式修改后为什么没有变化”，需要区分序列内容、分析定义和显示结果这三个层面。

核酸序列之间是否接近，通常需要先完成序列比对，再结合一致位点、缺口、比对长度和系统发育关系判断。DNAMAN怎么进行核酸序列同源性分析，DNAMAN同源性分析结果怎么判断，不能只看一个百分比。短片段即使一致率很高，也可能缺少足够的信息量；较长序列中存在少量插入或缺失，也不一定说明两条序列关系很远。DNAMAN本身提供同源性比较、多序列比对和系统发育分析等功能，可以把这些结果放在一起查看。

DNAMAN里面，序列的注释要怎么给加上去，把带注释的序列导出来以后，它怎么又不显示了呢，这是在处理质粒图谱、整理基因片段、标记酶切位点，还有写序列报告的时候，挺容易碰上的一些情况。DNAMAN这个软件，它能做序列的编辑、限制性内切酶的分析、多条序列的比对、PCR引物的选择、蛋白序列的分析，还有数据库的管理这些事情，同时，也支持像GenBank、FASTA、GCG、CLUSTAL、PIR、GDE这些格式的序列信息交换。但是得留心一个事儿，就是注释它到底能不能给你显示出来，不光是看你有没有往上头写说明的文字，还得看这个注释，是不是给存成了软件能认得出来的那种feature的信息，再有就是，你导出去的那个文件格式，它是不是支持这些信息。

DNAMAN开放阅读框的查找，和开放阅读框方向的判断，在做基因序列分析、质粒验证和PCR产物注释的时候，是经常会碰到的问题。开放阅读框，也就是ORF，通常指的是从起始密码子开始，到终止密码子结束的一段可能编码蛋白的序列。查找ORF不能只看哪一段最长，还需要结合起始密码子、终止密码子、阅读框的方向、目标物种的密码子表，还有已知的蛋白信息，一起去做出判断。

拿到一段DNA序列之后，假如我们想先看看它有没有编码蛋白质的可能，通常就要从开放阅读框查起。在DNAMAN里面怎么找到这些开放阅读框，以及怎么把那些有意义的长度给筛出来，核心的思路，就是去检查六个翻译框里，是不是存在着从起始密码子一路通到终止密码子、中间不被截断的连续编码区。开放阅读框这个概念，一般说的就是在某个阅读框中一段不被终止密码子打断的序列，那些比较长的ORF，常常就被当成候选编码区的重要依据。

测序数据一拿到手，很多人会先把DNA序列转成蛋白质的氨基酸序列，看看里面是不是藏着提前出现的终止信号、移码突变或者其他编码上的问题。用DNAMAN做这种蛋白翻译，一开始最要紧的是把序列的方向、第一个碱基的位置，还有要用的遗传密码表给确认好。如果后面发现阅读框选错了需要修正，就得回到开放阅读框（ORF）和起止密码子这些最基础的地方，再仔细查一遍。要知道，DNA双链上一共摆着六个可能的阅读框，正链有三个，负链也有三个，挑错了框，最后得到的氨基酸序列就会完全不一样。

做PCR实验的时候，如果胶图上出现了很多杂带，目标条带特别弱，连阴性对照都出现了不该有的条带，就不能只盯着引物的Tm值和GC含量去看了。DNAMAN这款软件可以用来做引物的特异性分析，以及筛掉那些可能出现在非目标位置的结合位点。分析的关键，是把设计好的引物重新放回目标序列和相关的背景序列里面去做比对，然后去查看引物的3'端匹配情况、错配出现在什么位置，还有可能会扩增出哪些片段。DNAMAN本身提供了PCR引物设计、多序列比对和序列分析这些功能，比较适合先在本地电脑上对目标模板做一轮初步的筛选。

做Sanger测序之后，我们通常需要把正向和反向两个测序结果合并成一条一致、可靠的序列。利用DNAMAN软件来完成这个拼接过程，以及在拼接中遇到碱基冲突时该如何处理，关键的一步就是先把两端质量较低的序列片段裁掉，再去做序列比对，最后确认出一条共识序列。DNAMAN本身具备DNA序列分析、比对和多序列处理的能力，能够很方便地把不同测序片段放在同一个窗口中互相对齐比较，因此很适合用来完成这类拼接工作。

做质粒构建、PCR片段验证或者双酶切鉴定的时候，如果能提前在DNAMAN里做一下酶切模拟，就可以少走一些弯路，避免选错酶或者把片段大小判断错了。不过酶切模拟的关键并不仅仅是看看有没有切点那么简单，还得注意酶切位点的数量、切割的位置、切出来的片段有多长，以及这些片段适不适合接着做下一步的连接。尤其是质粒这种环状序列和PCR产物这类线性片段，它们计算片段长度的方式是不太一样的，所以在开始分析之前，先要搞清楚自己要处理的究竟是环状还是线性的序列。

当从测序公司拿回数据时，除了seq格式的序列文件，一般还会附上ab1、abi或scf这些峰图文件，要用好DNAMAN，先得弄清楚两件事情：怎么把这些测序峰图正确地导进去，以及万一峰图上杂峰太多，又能用什么办法来校正，处理时的要点是，不能光看那一排排碱基字母，而要回到色谱峰图上去，看一看每个位置上读出来的结果到底可不可靠。在Sanger测序得到的峰图文件里，其实打包了原始的峰形、电泳信号、碱基识别结果和相关的质量数据，ab1和scf都是很常见的trace文件格式。